TIN SINH HỌC P17

Bài kiểm tra giữa kỳ: TIN SINH HỌC
GV giảng dạy : TS. Võ Văn Toàn
Học viên : Tạ Thị Như Nguyệt
Lớp : Sinh học thực nghiệm k13
Tin sinh học là một ngành khoa học liên ngành và là sự giao thoa giữa các ngành khoa học: khoa học máy tính, sinh học, y học, toán học, vật lí, hóa học.
Tin sinh học có chức năng nghiên cứu các quá trình sinh học như quá trình biểu hiện của gen, quá trình tiến triển của các loại bệnh hoặc là nghiên cứu chức năng của một hệ sinh thái.
Ngoài ra tin sinh học có thể được sử dụng để phân tích các nguồn dữ liệu về sinh học như là trình tự của các gen hoặc là xác định các mức độ dich mã của các ARN hoặc protein; có thể dự đoán được hoạt động của các enzym.
Hiện nay, tin sinh học được ứng dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực như: + trong sinh học: nghiên cứu trình tự gen, cấu hình protein,…
+ Y học: ng/cứu các protein gây bệnh
+ Lâm nghiệp:
Phương pháp tìm kiếm dữ liệu sinh học
Một số trang web tìm kiếm dữ liệu sinh học:

+ Chuỗi DNA
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genbankOverview.html
http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html
http://www.ddbj.nig.ac.jp
+ Chuỗi Protein
http://www.expasy.uniprot.org
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Protein
+ Cấu trúc Protein
http://www.rcsb. Org/pdb/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml
+ Cơ sở dữ liệu di truyền
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Genome
http://www.tigr. org/tigr-scripts/CMR2/CMRGenomes.spl
http://tigrblast.tigr.org/ufmg/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
2. Ứng dụng sinh học trong việc tìm hiểu về gà
- Vào google, gõ một trong những đường dẫn như ở trên đã nêu. Ở đây tôi lấy một ví dụ, gõ “ ncbi” , kết quả thu được như sau:
Khi vào được trang chủ của “ ncbi” ta gõ tên loài mà ta cần tìm, cụ thể như sau:
Kết quả thu được như sau:
Sau đó, muốn tìm dữ liệu nào thì ta sẽ nhấp chuột vào ô đó, ví dụ như muốn tìm hiểu dữ liệu protein thì ta sẽ nhấp vào như trên hình:
Kết quả thu được như sau:
Qua kết quả tìm kiếm ta thấy có đến 20 trang trình bày về protein ở gà và có đến 41812 chuỗi protein được phát hiện . Ta có thể nhấp chuột vào một trong các chuỗi vừa tìm được để tìm hiểu thêm về trình tự của nó, ví dụ nhấp vào protein như trên hình:
Ta thu được kết quả như sau:
Sau đó nhấp chuột vào Fasta ta thu được trình tự các aa của chuỗi protein.
Ta thu được kết quả:
Để lưu về máy ta làm theo các bước như trong hình:
Sau khi đưa về máy, ta có thể sử dụng phần mềm clustal X2.1 để đọc chuỗi này, kết quả thu được:
Tương tự các bước như trên ta có thể tìm được trình tự các aa của các chuỗi protein khác. Từ đó ta có thể sử dụng phần mềm pymol để xem được cấu trúc 3D của chuỗi protein.
* Kết luận:
Hiện nay, tin sinh học trở thành ngành khoa học rất quan trọng và được ứng dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực. Nhờ có tin sinh học mà chúng ta có thể tìm hiểu được nhiều dữ liệu trên thế giới và phục vụ rất nhiều cho công việc của mình.